أوقف الشيخ محمد الخضير ما يقارب الثلاثون بالمئة من أسهمه الشخصية في جميع شركاته ، والتي تنفق عوائدها على اعمال البر والخير ،تحت مظلة شركة وقف محمد ابراهيم الخضير
ولما كان التعليم الجيد هو الأساس الذي يرتكز عليه تحسين حياة الناس وتحقيق التنمية المستدامة ، فقد جاء رعاية ودعم قطاع التعليم في اول اولويات اهداف وعمل وقف الشيخ محمد ابراهيم الخضير
بالاضافة الى اعمال بناء المساجد ، ووقف مباني لجمعيات تحفيظ القرآن ، حيث تُدرّس علوم القرآن ، وعلوم الشريعة الأخرى ، وكافة علوم الحياة ، وبناء المستشفيات ، والأسبلة ،وكافة ما من شأنه تحقيق كافة مقاصد الحياة ، مرتبطاً في سبيل ذلك بالشريعة الإسلاميّة ،فحفظ الدين هو أول الضروريات، وكذلك حفظ الضروريات التي لا يستغني الإنسان عنها في حياته
